第十代崇神(すじん)天皇の御代に疫病が大流行し多くの国民が亡くなるという国難が起こった時、ご祭神の神示により神孫の大直禰子命（おおたたねこのみこと）を神主としてご祭神を篤くお祀りし直したところ、平安が戻って国が富み栄えました。このことが大神祭の起源で、二千年来の伝統を誇る大祭です。祭祀が卯の日に行われたことから、古くは「卯の日神事」と呼ばれ、４月、１２月の上卯日に執行するという伝統を有しました。明治６年の上卯日が９日であったことから例祭日が４月９日と定められて今日に至っています。

祭典は８日の宵宮祭、９日の大神祭、１０日の後宴祭と三日間にわたり、「例祭」と呼ばれる大神神社で最も大切な祭典です。神孫の大直禰子命(若宮様）を神主としてお迎えした故事に則り、８日午前に大直禰子神社（若宮社）で例祭を行い、御分霊(ごぶんれい)を若宮社から本社にお遷しすることから祭儀が始まります。

９日の午前には神社関係者・氏子崇敬者・各種団体関係者など千名近くの参列を得て、拝殿で例祭の大神祭が大祭式で盛大に行われ、神楽「うま酒みわの舞」が奉奏されます。午後からは若宮の御分霊を神輿にお遷しし、三輪の町中を巡幸する若宮神幸祭(わかみやしんこうさい)が行われます。これは大直禰子命を里人がお迎えしたさまを伝えるものと言われ、神輿を中心に、馬に乗った宮司以下神職、時代装束を着用し各地区の幟や神宝を持った氏子、稚児や甲冑騎馬武者など総勢２５０名余がお供をして三輪の町を巡幸します。

１０日の後宴祭の後に、若宮の御分霊を若宮社にお戻しする祭儀が行われると、正午からは祭りを締めくくる後宴能が催されます。斎庭に設けられた桧舞台で、神社ゆかりの能「三輪」、狂言「福の神」などがその道の大家によって演じられ、３日間にわたる春の大神祭は目出度くとり納められます。