崇神天皇の御代にはじまる二千年来の伝統をもつ大祭です。古く４月と１２月の上卯の日に行われた「卯の日神事」で、４月が春の大神祭ならば、１２月がこの秋の大神祭に当たります。

明治時代になり、例祭日を一年に一度とすることが定められてからは、氏子の秋祭りとして収穫を感謝し、人々の平安を祈る意味合いが強くなりました。大祭式で行われ、春の大神祭同様、前日に宵宮祭、翌日に後宴祭が行われます。

また、秋の大神祭当日は午後から氏子の子供たちや青年会の太鼓台が三輪の町中を練り歩き、最後に拝殿前に集合、境内は元気な歓声に包まれます。