中世にはいると神仏習合思想により、各社寺は自己の興隆の為に、盛んに由来・霊験を現わす縁起類を作りました。当社のものには、天文２０年（１５５１）卯月１９日の奥書があり、内容は三輪明神は三世常遍の霊神とし、その鎮座する三輪山は常住不変の宝山と説いて、当社と天照大御神を祀る伊勢との本迹関係や、三輪明神は大黒天神として具現、日吉山王と同体などと述べられています。
